日本在吉布提军事基地位于安布利国际机场东北部，其主要建设项目于2011年5月竣工，建设费用为4000万美元。在军事基地建成前，日本使用美国在吉布提的军事基地作为临时司令部。该基地建成后，拥有12公顷独立军事基地，新设施总价值为47亿日元。
为暂时掩盖野心，日本政府在官方文件中尽力低调处理在吉布提的军事基地，甚至避免使用“基地”一词，而是用更具有防御性质的称谓——“设施”，即“日本在吉布提执行反海盗任务设施”，突出该军事“设施”的临时性与任务导向性。
目前中国是将吉布提作为海外的保障基地在使用，而日本则是作为军事基地在使用。其中很大程度上是针对中国的护航编队舰只的。据我国护航人员透露，护航期间，他们经常见到日本P-3C巡逻机在海上飞行，对中国舰艇进行拍照等，而且经常在甚高频里听到日军飞机、舰艇向周围商船、军舰发出信息，通报海盗动态，询问是否需要援助等等。
目前，日本官方又最新修订了吉布提基地扩建计划，除了扩建跑道、增加驻军外，还将部署“大毒蛇”装甲车和C-130“大力神”运输机。这是彻头彻尾的军事用途。